穿刺超声镜是新近发展起来的先进的内镜技术，是超声技术、内镜技术和穿刺技术的完美结合，用途非常广泛。它具有准确性强、安全性大、病人痛苦小、诊治效果突出以及性价比高等优点。
穿刺超声镜是近年来超声内镜临床应用的重大进展，显著提高了对消化系疾病的诊断和治疗水平。通俗地说，穿刺超声镜主要是通过装在内镜头端的超声探头的实时监控下，使用专用穿刺针准确穿刺至病灶，然后通过穿刺针抽吸组织进行病理学检查或注射药物、置入导丝、安放支架等达到治疗目的。它的应用价值体现在如下几个方面。
纵隔淋巴结肿大常见于肺癌、肺结核和肺炎等疾病，也可见于正常人，影像学如X线 、CT 和MRI都不能确定良恶性质。在肺癌，如非小细胞肺癌，癌灶对侧纵隔淋巴结转移不可手术，穿刺超声镜在判断非小细胞肺癌纵隔淋巴结转移准确度方面高于CT，达98%，而敏感性和特异性分别高达 96%和100%。超声镜引导下细针穿刺活检可对肿大的淋巴结进行定位抽吸病理活检，大大提高了诊断的准确性，使很大比例的病人得到正确的治疗，挽救或延长了病人的生命。
胃肠道黏膜下肿物，如间质瘤、淋巴瘤、血管瘤等，常规内镜诊断困难，确诊率不高，常常需要反复活检甚至剖腹探查。如果为病人进行穿刺超声镜检查，则可一目了然。有些黏膜下肿物如囊肿、血管瘤等，同时在镜下进行安全有效的治疗，效果令人非常满意，既免于开刀手术，又节省病人医疗费用，两全其美。
胰腺癌的诊断是当前医学界的重点和难点。因为早期诊断相当困难，大多数病人一经发现，病情已到晚期。而超声内镜是目前临床使用的各种影像技术中对胰腺显示最好的方法之一，超声镜引导下细针穿刺活检技术对胰腺占位尤其是早期胰腺癌具有不可取代的优越性。如，可分辨直径小于2厘米的癌灶，并进行活检。国外报道，该技术可使约44%的胰腺肿块患者避免手术，57%的患者避免重复检查，并对临床处置产生决定性影响，可大大节约医疗费用。
假性胰腺囊肿常为胰腺炎的并发症，传统上需要外科手术解决。然而，采用超声镜引导下假性胰腺囊肿引流术，经超声内镜检查寻找假性胰腺囊肿与胃或十二指肠壁紧密相连且无血管的区域，穿刺并导入引流管，创伤小，在发达国家基本取代了外科的假性囊肿引流术。
贲门失弛缓症，主要表现是吞咽困难、食物反流、胸部疼痛，以致因不能进食而导致体重减轻，并发症为食管炎症，吸入性肺炎，病程长，甚至会导致食管癌的发生。而利用穿刺超声镜定位并注射肉毒毒素，最大限度阻断神经肌肉接头，可很好地治疗该病，达到满意的效果。
对于不能手术的肿瘤病人，可利用超声镜引导下肿瘤和转移淋巴结介入治疗，如局部注射化疗药物、免疫制剂、无水乙醇、导入微波、射频等，由于其探头距离病灶近、无肠气和肺气干扰、穿刺准确性高、损伤小，在消化道肿瘤和消化道毗邻器官肿瘤的介入方面，具有广泛的发展前景。有人为8例不能手术的胰腺癌患者超声镜引导下细针穿刺将淋巴细胞培养液准确注入癌组织内，结果3例肿瘤变小，无剂量相关性毒性反应，生存期延长。
腹腔神经节阻断术。胰腺癌及慢性胰腺炎引起的顽固性腹痛是困扰临床医师的难题。利用超声穿刺镜向腹腔神经节穿刺注入麻醉药物或无水乙醇，在晚期肿瘤尤其是晚期胰腺癌的止痛治疗上具有重要作用，提高了患者的生存质量。
总之，穿刺超声镜是诊断治疗 高效合一的新型内镜技术，它的广泛应用，将造福越来越多的患者。